Giữ phím Ctrl khi đang thực hiện một phép chọn có thể có hai tác dụng đồng thời. Tác dụng thứ nhất thay đổi tuỳ theo loại công cụ chọn nào bạn đang sử dụng. Tác dụng thứ hai, chung cho tất cả các công cụ chọn: nó chuyển công cụ chọn sang chế độ trừ (subtraction mode), do vậy vùng bạn vẽ được trừ ra khỏi vùng đang được chọn trước đó. Nếu bạn chỉ muốn một trong hai tác dụng này được thực hiện, bạn có thể thả phím Ctrl ra trước khi thả nút chuột. Làm như vậy sẽ khiến cho phép chọn ở chế độ trừ, nhưng không thực hiện lệnh đặc trưng của công cụ đó.

Giữ phím Alt sẽ cho phép ta di chuyển vùng đang chọn hiện hành (chỉ phần khung chọn, không di chuyển phần nội dung trong đó). Nếu toàn bộ ảnh di chuyển thay vì chỉ có phần chọn di chuyển, bạn hãy thử Shift+Alt. Lưu ý rằng phím Alt đôi khi bị hệ thống Windows can thiệp vào (có nghĩa là GIMP không biết rằng phím này đang được bấm), vì thế sử dụng phím này có thể không có tác dụng đối với mọi người dùng.

Giống như phím Ctrl, giữ phím Shift khi đang thực hiện phép chọn có thể có hai tác dụng riêng biệt. Tác dụng thứ nhất thay đổi tuỳ theo loại công cụ nào đang được sử dụng, nhưng thông thường nó liên quan đến việc thay đổi chức năng chọn theo một cách nào đấy: ví dụ, nó đổi nút công cụ chọn theo hình chữ nhật thành vùng chọn hình vuông. Tác dụng thứ hai là thay đổi chế độ chọn thành "thêm vào", vi thế vùng được vẽ ra để chọn sẽ được thêm vào vùng đang được chọn trước đó. Nếu bạn chỉ muốn một trong hai tác dụng này có hiệu lực, bạn có thể thả phím Shift trước khi thả nút bấm chuột. Làm như thế sẽ làm cho phép chọn thực hiện ở chế độ thêm vào, nhưng không bị ép thành hình vuông (kiểm tra lại lệnh này).

Dùng tổ hợp phím Ctrl-Shift cùng với nhau có thể có nhiều tác dụng, tuỳ thuộc vào công cụ nào đang được sử dụng. Tác dụng chung nhất cho tất cả các công cụ chọn là chế độ chọn sẽ đổi thành phép giao (intersection), tức là sau khi thực hiện xong phép chọn, vùng được chọn sẽ bao gồm phần giao của vùng vừa vẽ với vùng đang được chọn trước đó. Đây là một "thí nghiệm" đối với người dùng để thử các tổ hợp phím khi thực hiện phép chọn trong khi đang giữ tổ hợp phím Ctrl-Shift và thả cả hai phím hoặc một trong hai phím ra trước khi thả chuột.

Mục này quyết định các thức mà phép chọn bạn tạo ra được phối hợp như thế nào với bất kỳ phép chọn nào trước đó. Lưu ý rằng các chức năng được thực hiện bằng những nút lệnh này có thể được lặp lại bằng cách sử dụng các phím bổ sung, như đã trình bày ở phần trên. Đối với phần lớn trường hợp, người dùng có kinh nghiệm sử dụng các phím bổ sung; người dùng chưa có kinh nghiệm lại thấy việc dùng các nút Mode dễ dàng hơn.

Chế độ thay thế (replace mode) sẽ khiến cho bất kỳ vùng hiện đang chọn nào sẽ bị hủy hoặc bị thay thế khi một phép chọn mới được tạo ra.

Chế độ thêm vào (Add mode) sẽ khiến cho phép chọn mới được thêm vào bất kỳ các vùng chọn hiện hành nào.

Chế độ trừ ra (Subtract mode) sẽ loại bỏ phần chọn mới ra khỏi bất kỳ các vùng đang được chọn.

Chế độ giao nhau (Intersection mode) sẽ tạo ra một vùng chọn mới từ một vùng mà vùng chọn hiện hành và vùng chọn mới trùng nhau.

Tùy chọn này chỉ tác động lên một vài công cụ chọn: nó khiến cho đường biên của vùng được chọn được vẽ một cách "mịn màng" hơn.

Tùy chọn này cho phép đường biên của phép chọn được làm mờ đi, sao cho các điểm gần đường biên chỉ được chọn một phần. Để biết thêm thông tin về hiệu ứng "lông chim" xem phần chú giải thuật ngữ mục Feathering.